Odbor bezpečnostní je podřízen řediteli sekce správní a bezpečnostní. V čele odboru stojí ředitel odboru.
Působnost odboru:
- Odpovědnost za plnění úkolů a povinností uložených úřadu zákonem č. 49/1997.
- Provádění výkonu státní správy a státního dozoru v oblasti ochrany civilního letectví před protiprávními činy včetně státního dozoru.
- Působení komplexně v celém spektru svěřené problematiky na národní úrovni.
- Provádění implementace mezinárodního práva do národního prostředí v oblasti ochrany civilního letectví před protiprávními činy.
- Zpracování a aktualizace národních bezpečnostních programů.